Nejstarší dějiny hradu i celého města Strakonice jsou spojeny se šlechtickým rodem Bavorů. Vlastní hrad si panstvo založilo na soutoku řek Otavy a Volyňky na přelomu 12. a 13. století. Zajímavostí je, že hrad byl nejen světským sídlem, ale také náboženským centrem. V roce 1243 totiž Bavor I. daroval část hradu řádu sv. Jana Křtitele Jeruzalémského, tzv. johanitům, kteří jsou později známi jako řád maltézských rytířů.
Za johanitů přibývá mezi kostelem sv. Vojtěcha (dnes kostel sv. Prokopa) a hradním palácem křížová chodba s ojedinělými cihlovými žebry. Ta byla ve 14. století vyzdobena nástěnnými malbami. Za Bavora II. dochází ke stavebnímu rozšíření hradu. Během druhé poloviny 13. století se rozrůstá palác v jihozápadním rohu druhého nádvoří. Na západní straně hradeb přibývá další věž Rumpál a dokončují se fortifikace včetně příkopu. S Bavorem III., což byl zároveň velkopřevor řádu, a jeho bratrem Vilémem je spojována dostavba hradu do přibližně dnešní podoby.
Od roku 1402 celé panství patří johanitské komendě. A v době husitské a pohusitské se Strakonice stávají sídlem velkopřevora. Koncem 17. století se velkopřevor stěhuje zpět do Prahy, ale řád vlastnil hrad až do roku 1925.
Během první poloviny 16. století za velkopřevora Jana z Rožmberka probíhá přestavba jižního křídla, a to dostává své renesanční vzezření. Jan pravděpodobně nechal vystavět novou věž Jelenku, a tím ukončil středověký vývoj hradu.
V období třicetileté války byl hrad častou zastávkou procházejících armád a dvakrát byl dobyt. Po třicetileté válce je hrad opuštěný a chátrá. Na počátku 18. století je velká část hradu přebudována na soukromé byty a znehodnocena tak četná významná fresková výzdoba. V části hradu je zřízen pivovar, špýchar a další hospodářské objekty.
Až za velkopřevora Leopolda Dubského z Třebomyslic, a to v letech 1714 – 1721, je vystavěn barokní palác ve východní části hradu. Jeden z následovníků Leopolda, Václav Jáchym Čejka z Olbramovic, nechává upravit okolí hradu a u zámku zřizuje bažantnici a velkou zahradu s altánem. Příkop je osazen ovocnými stromy.
Na konci 18. století strakonický žid Izák Stein získává koupí část pozemku vedle velkopřevorského zámku a staví soukromý dům. V 70. letech 19. století z malého domku vznikl honosný dům, který lidé začali brzy nazývat palácem. To se znelíbilo řádu a začala pře. Palác byl dlouhou dobu trnem v oku velkopřevorovi Otheniovi Lichnowskému z Werdenberga. Ten se rozhodl k zámeckému křídlu přistavět zeď s kulatou věží, kam umístil knihovnu s čítárnou a znemožnil tak židům pohled do zámeckého parku a zámeckých oken. Občané města posléze pojmenovali věž Trucbaštou, jelikož byla postavena na truc židovským obyvatelům a toto dobové pojmenování se ve Strakonicích udrželo až dodnes. Bohužel dochovalo se jen jméno, zámecká věž byla první památkou, která musela ustoupit rozvíjejícímu se automobilovému provozu. Místo ní byla ve 20. století zbudována nová silnice vedoucí do Pracejovic.
V letech 1939-40 došlo k velké devastaci hradu, když bylo částečně zbouráno severní křídlo a následně zde byly postaveny byty pro představitele NSDAP. Po druhé světové válce byl hrad zestátněn a v listopadu 1995 prohlášen za národní kulturní památku. Na hradě sídlí Muzeum středního Pootaví, Šmidingerova knihovna, Městské kulturní středisko (informační centrum), základní umělecká škola a hradní safari.
