Knihovna se zaměřuje především na shromažďování a využívání regionální a odborné literatury.
Knihy
Převažují rukopisy a tisky z 18. a 19. století, několik jednotlivých exemplářů pochází z 16. a 17. století. Hlavní část fondu tvoří knihy zapsané v přírůstkové knize Městského Dykova musea ve Strakonicích v době před II. světovou válkou. Knihovna Jana Vlastislava Plánka byla zakoupena obcí strakonickou dne 17. září 1924 za 2000 korun. Další část se do muzea dostala jako dar Plánkova syna Rudolfa. Některé ze starých tisků a rukopisů jsou získávány průběžně (koupí a darem) i po II. světové válce.
Muzejní knihovna ve Strakonicích se zaměřuje na shromažďování a využívání především odborné a regionální literatury. Knihovní fond zahrnuje též staré tisky a rukopisy. Součástí fondu je také Plánkova knihovna – soubor knih strakonického vlastence J.V. Plánka. Tisky i rukopisy jsou ponejvíce v jazyce českém a německém, v několika exemplářích se vyskytují i latinské, řecké a hebrejské.
