Kapitulní síň a přilehlý ambit patří k nejstarším budovám areálu celého strakonického hradu. Síň dříve sloužila jako johanitská komenda (řádu ji daroval zakladatel hradu Bavor I. v r. 1243). Prvotně jako modlitebna, později po dostavbě kostela i jako špitál. V dnešní době ji muzeum využívá k pořádání nejrůznějších koncertů, výstav a dalších kulturních akcí.
Z hlediska architektonického zde můžeme vidět jednak prvky pozdně románského stylu, a to u kulatého okna nad vchodem do síně, u původních stropních kleneb nebo vstupního portálu do ambitu. Dále také prvky gotiky u tvarů oken či prvky baroka díky rekonstrukci v tomto období. Bohužel v důsledku barokních oprav jsou značně poškozené či spíše nenávratně ztracené i části cenných historických nástěnných maleb, kterými jsou síň a ambit vyzdobeny a které zobrazují působení Ježíše Krista od jeho kázání po zmrtvýchvstání. Dvě nejstarší fáze malířské výzdoby pocházejí z 1. poloviny 14. století (1. fáze před rokem 1320, 2. fáze 1320-1330/1340). Nejmladší pozdně gotická fáze je datována do období kolem roku 1480.
Ambit neboli křížová chodba s rajským dvorem byl postaven v návaznosti na kapitulní síň ve 13. století již přímo maltézským řádem a sloužil k osobnímu rozjímání členů řádu. Tedy prostor, kam neměl nikdo jiný přístup. Architektonické řešení je opět gotické podle původní žebrové klenby dochované na stropech chodby.
