Archeologické oddělení muzea funguje již od roku 1980 a navazuje tak na výzkumnou tradici spojenou se jmény archeologů Bedřicha Dubského, Jana Michálka a Jiřího Fröhlicha. Sbírka obsahuje několik tisíc položek od nejstaršího pravěku po novověk. Její nejstarší část tvoří sbírka nádob z pohřebiště v Přešťovicích
Podsbírka archeologická
Specializovanou archeologickou podsbírku založil archeolog Bedřich Dubský (1880-1957). Základ fondu pochází z jeho výzkumů (1910-1940) – nálezy z mladšího paleolitu a mezolitu (Putim, Ražice), nálezy knovízské kultury (hroby a sídliště u Čejetic, Rovné), nálezy ze sídlišť, hradišť a mohylových pohřebišť. Těžiště tvoří nálezy z římského sídliště a mladořímského pohřebiště u Přešťovic. Následují nálezy ze slovanských (raně středověkých) žárových mohyl, sídlišť a hradišť a ze středověkých kostrových hrobů.
Od roku l978 (obsazení místa archeologa) je podsbírka systematicky rozšiřována o nálezy terénní systematické prospekce a záchranných archeologických výzkumů. Přibyly kolekce kamenných nástrojů z paleolitu až mezolitu, kolekce keramiky a kamenných nástrojů z neolitických sídlišť (kultura s lineární a vypíchanou keramikou – hrob Radčice), nálezy ze starší doby bronzové (únětická kultura – sídliště a mohylová pohřebiště Radčice a okolí Vodňan), nálezy ze sídlišť mohylové kultury (okolí Vodňan), nálezy z halštatských a laténských mohyl, sídlišť a hradišť (Radčice, okolí Vodňan a Strakonic, dvorec u Němětic), nálezy z doby římské a z raného středověku (okolí Strakonic). Významné jsou nálezy dokládající těžbu zlata rýžováním na Otavě (doba bronzová až vrcholný středověk – Modlešovice).
Mezi archeologické unikáty patří zlomek skleněné nádobky, tzv. aryballu (import ze Středomoří, ostrov Rhodos) – jediný nález v celé ČR (časně laténský dvorec Strakonice), železný meč s pochvou zdobenou stylizovaným párem draků na vnější straně, kolekce keltského skla z výzkumů laténských sídlišť v povodí Otavy a Blanice na Strakonicku a Prachaticku a nepočetná kolekce sapropelitových šperků (náramků).
